A napkollektor vezérlő a napkollektor rendszerek „agya”, mely szabályozza a használati meleg víz előállítást, a fűtésrásegítést, illetve medencefűtés vezérlését. A vezérlés hőérzékelők segítségével, hőmérséklet-különbség mérése alapján történik, amikor a napkollektor hőmérséklete nagyobb a beállított hőmérséklet különbség értékével, mint a tárolóban lévő víz hőmérséklete, akkor bekapcsol a keringető szivattyú és megkezdődik a hőtermelés. Ezt a napkollektor vezérlő az elektromos hőmérő szenzorok jele alapján vezérli. Egy jó minőségű, korszerű napkollektor vezérlő nagymértékben megnöveli a rendszer hatásfokát, segíti a minél nagyobb mértékű kihasználtságot. A jó vezérlő testre szabható, rugalmasan programozható, így megoldható, hogy védje a rendszert a hosszú élettartam érdekében. Nem elhanyagolható a készenléti áramfelvétel sem, fontos, hogy alacsony legyen.
A napkollektor vezérlőkben, gyártmánytól függően 10-15 előre programozott rendszer van, amely teljes mértékben testre szabható, így egyedi kapcsolásokat is megvalósíthatunk vele. A teljesség igénye nélkül példaként látható alább több rendszerbeállítás:
1. rendszer:
A legegyszerűbb napkollektor vezérlési kapcsolás: Napkollektor 1 tároló tartállyal. Ennek a legegyszerűbb a működése. A napkollektor felső részén méri a hőmérsékletet, illetve a melegvíz-tartályban. Amint a napkollektor hőmérséklete magasabb, mint a tartály alsó részében, a hőcserélőnél, a szivattyú bekapcsol és elkezdi keringetni a vizet.

2. rendszer:
Több napkollektor mező kelet-nyugati tájolással. Ebben az esetben már 2 szivattyú kell és 3 hőmérő szenzor. Amikor feljön a nap, csak az egyik kollektor mezőt melegíti, így csak abban keletkezik meleg víz, csak abban a körben kell keringetni a vizet. Eltérő tájolás esetén még fontosabb a megfelelő vezérlés, mert helytelen bekötés vagy vezérlés esetén az egyik kollektor mező fűtheti a másikat, így a már megtermelt hőt azon nyomban el is hűti a rendszer.

3. rendszer:
Napkollektoros rendszer HMW fűtésre és medencefűtésre. A legtöbb vezérlő alkalmas arra, hogy a melegvíz-tartály felfűtése után a többi hőt egy másik helyre irányítsa, így fűthetünk másik tartályt vagy pedig fűthetünk medencét. Ebben az esetben már több elememmel bővíteni kell a kört, mint az eddig ismertetett rendszerek esetében, szükséges hőcserélő a rendszerbe.

A napkollektor vezérlőnek fontos védelmi szerepes is van azon túl, hogy a lehető legkevesebb veszteséggel üzemeltesse a rendszert. Ilyen többek közt a „holiday” funkció, amikor nagy melegvíz-termelés várható, de nem fogyasztjuk el a melegvizet, mint például nyaraláskor. Ebben az esetben, hogy ne károsodjon a kollektor sem a tároló, a nappal megtermelt meleg vizet, éjszaka visszahűti a kollektoron történő átkeringetéssel. Mindezt addig, amíg megfelelő hőmérsékletre le nem hűl.